Der Säntis steht in den nordwestlichen Alpen (Appenzeller Alpen) im Alpstein, knapp 10 km (Luftlinie) süd-südwestlich von Appenzell. Auf dem Säntis treffen drei Kantone zusammen, Appenzell Ausserrhoden (Gemeinde Hundwil), Appenzell Innerrhoden (Bezirk Schwende) und St. Gallen (Gemeinde Wildhaus im Toggenburg). Obwohl sein Gipfel nur 2'502 m über dem Meer liegt, ist er durch die tiefe Abtrennung der Appenzeller Alpen nach seiner Schartenhöhe von 2'021 m an zwölfter Stelle in den Alpen und die Nummer 29 in Europa.